Cariera sa de succes s-a datorat în parte patronajului familiei Bulkeley din nordul Țării Galilor, și apoi earlului de Macclesfield.
Jones a predat matematica echipajelor de pe naveleMarinei Regale Britanice între 1695 și 1702. Interesul său pentru aspectele teoretice ale navigației s-a concretizat prin publicarea lucrării A New Compendium of the Whole Art of Navigation („Un nou compendiu al întregii arte a navigației”), în 1702.[13] După terminarea călătoriilor pe mări și oceane, a devenit profesor de matematică în Londra, unde a îndeplinit mai multe funcții în cadrul administrației guvernamentale.
Jones a publicat Synopsis Palmariorum Matheseos în 1706, lucrare pentru începători, care conținea teoreme de analiză diferențială și serii infinite.
Navigația a fost și ea un subiect de interes pentru Jones; prima sa lucrare publicată în domeniu a fost A New Compendium of the Whole Art of Navigation. În 1731 a publicat Discourses of the Natural Philosophy of the Elements.