Această a doua ramură a teoriei algebrice a grafurilor este legată de prima, deoarece proprietățile de simetrie ale unui graf sunt reflectate în spectrul său. În particular, spectrul unui graf foarte simetric, cum ar fi graful lui Petersen, are puține valori distincte[1] (graful lui Petersen are 3, care este minimul posibil, având în vedere diametrul său). Pentru grafurile Cayley, spectrul poate fi legat direct de structura grupului, în particular de caracterele sale ireductibile.[1][3]
Studiind invarianții grafului
A treia ramură a teoriei algebrice a grafurilor se referă la proprietățile algebrice ale invarianților grafurilor, și în special la polinomul cromatic, polinomul Tutte și invarianții de noduri. Polinomul cromatic al unui graf numără, de exemplu, numărul de colorări proprii ale nodurilor. Pentru graful lui Petersen acest polinom este .[1] În particular, aceasta înseamnă că graful lui Petersen nu poate fi colorat propriu cu una sau două culori, dar poate fi colorat în 120 de moduri diferite cu 3 culori. Multe lucrări în acest domeniu al teoriei algebrice a grafurilor au fost motivate de încercările de a demonstra teorema celor patru culori. Cu toate acestea, există încă multe probleme deschise, cum ar fi caracterizarea grafurilor care au același polinom cromatic sau a determina care polinoame sunt cromatice.