Clubul a fost fondat în 1959 ca secție de baschet a Clubului Deportivo Vasconia. A jucat pentru prima dată în baschetul spaniol de cel mai înalt nivel în 1971, și a devenit o forță majoră în baschetul spaniol în anii 1990. Cel mai recent, Baskonia a ajuns în Final Four al Euroligii în 2005, 2006, 2007, 2008 și 2016, pierzând în finala din 2005 și semifinala din 2006 împotriva Maccabi Tel Aviv, în semifinala din 2007 împotriva celor de la Panathinaikos și în semifinala din 2008 împotriva CSKA Moscova.
