După mai multe interogatorii, a fost trimis în Lagărul de exterminare Mauthausen. La plecarea din Avon, ca deținut, i-a salutat pe elevii internatului unde era profesor, adunați întâmplător în curtea școlii, spunându-le „La revedere, copii”, la care aceștia au răspuns la unison „La revedere, părinte” și l-au aplaudat. Această scenă a inspirat titlul filmului Au revoir les enfants(en)[traduceți], realizat de Louis Malle, premiat în 1987 cu Leul de Aur la Festivalul de Film de la Veneția.
Père Jacques a murit de tuberculoză în 2 iunie 1945, cântărind doar 34 de kilograme, după ce a fost mutat în Lagărul de concentrare Dachau, iar de acolo la Linz.