Pekarík, născut la Žilina, a început să joace fotbal la secția de tineret a clubului său local.[3] Debutul său în Corgoň Liga l-a făcut cu echipa ZŤS Dubnica.[3] În primul său sezon, a jucat 27 de meciuri și s-a întors la MŠK Žilina în vara anului 2005.[3][4] El a câștigat Corgoň Liga în sezonul 2006-2007, jucând 35 de meciuri.[4][5]
Wolfsburg
El a impresionat cu meciuri bune în prima jumătate a sezonului 2008-2009 și a semnat un contract de patru ani și jumătate cu echipa germană VfL Wolfsburg în ianuarie 2009.[6]
La 31 ianuarie 2009, etapa a 18-a, a debutat în Bundesliga într-o remiză de 1-1 împotriva lui 1. FC Köln. La pauză, antrenorul Felix Magath l-a înlocuit cu Cristian Zaccardo.[7] Cu excepția unui meci, a jucat în a doua jumătate a sezonului în toate meciurile și a câștigat cu Wolfsburg pentru prima dată în istoria clubului campionatul Germaniei.[8][9] Cu toate acestea, la sfârșitul sezonului el a fost înlocuit mai des și a pierdut locul în primul unsprezece.[10]
Kayserispor
În august 2011, Pekarík s-a alăturat echipei Kayserispor din prima ligă turcă pentru sezonul 2011-2012.[11]
Hertha BSC
După un an în Turcia, Pekarík s-a întors în Germania, semnând cu Hertha BSC.[12]
La 31 martie 2017, în cel de-al optulea sezon din Germania, Pekarík a marcat primul său gol în Bundesliga într-o înfrângere scor 1-3 împotriva lui Hoffenheim. În acest moment a fost cel de-al 151-lea meci jucat de el în Bundesliga.[13]
.jpg)
4.png){kind=small}
