Dintre cele cinci ordine enumerate mai sus, damanii reprezintă grupul bazal al Paenungulata, urmați de embritopode. Celelalte ordine (sirenienii, desmostilienii și elefanții) sunt mai strâns legați, din punct de vedere evolutiv, formând un grup taxonomic, numit Tethytheria. Se consideră că ultimii strămoși ai Tethytheria aveau un mod de viață semiacvatic pe malurile Mării Tethys, de unde îi provine denumirea. De asemenea, unele studii privind structura mioglobinei arată faptul că și viața strămoșului Hyracoidea era strâns legată de apă.[4]
Taxonul Paenungulata a fost propus de paleontologulamericanGeorge Gaylord Simpson în 1945, folosind metode tradiționale ale taxonomiei, bazate pe caracteristici morfo-anatomice, formând un grup comun pentru aceste mamifere asemănătoare, dar foarte diverse după aspectul externe și etologie. În unicitatea acestui grup au existat pete oarbe, care puneau la îndoială monofilia Paenungulata. De exemplu, dentiției damanilor prezintă asemănării cu cea a rinocerilor, apropiindu-i de ordinul Perissodactyla (imparicopitate).[5] Totuși, datele filogeniei moleculare demonstrează autenticitatea cladei propuse de G. Simpson, fiind printre primele grupuri de mamifere care s-au diversificat direct de la reprezentanții bazali ai euterienilor. Analizele moleculare ale unor proteine, precum hemoglobina, resping orice înrudire filogenetică a Paenungulata cu copitatele adevărate.[6]
Rezultatele obține în cadrul studiilor moleculare plasează Paenungulata în supraordinul Afrotheria, care cuprinde mamifere originare din Africa (Afro-Arabia). Printre afroterieni se mai numără ordinele Afrosoricida, Macroscelidea și Tubulidentata.[7]