În acest loc, din timpuri străvechi s-a format o luncă cu numeroase lacuri, gârle și heleșteie. Pe teritoriul actual al satului a staționat o ceată de nomazi războinici, în urma cărora au rămas 2 movile funerare. Prima mențiune a satului datează din 20 septembrie 1483. Documentele din sec. XIV-XVII atestă un sat Hlăpăiești, în ținutul Neamț din Moldova pe dreapta Prutului, care aparținea aceleiași mănăstiri. Satul basarabean Nemțeni pare să fi fost întemeiat de locuitorii Hlăpăieștilor, ambele având de-a lungul veacurilor un proprietar comun: Mănăstirea Neamț.
În 1923, în Nemțeni au fost atestați 1535 locuitori, o bancă populară, cooperativa de consum, cooperativa agricolă „Tudor Vladimirescu”, școala primară, biserica ortodoxă, o sinagogă, un agent sanitar, o circumscripție de percepție fiscală, poșta, telegraful, telefonul, punctul fluviometric, o moară de aburi, 5 mori de vânt, ateliere de fierărie, prăvălii și cârciumi.
În 1979, satul avea 2273 locuitori, sovhozul „Sovețki Pogranicinik”, o școală medie, o casă de cultură, o creșă-grădiniță, o casă de deservire socială și un oficiu poștal.
