Modelarea moleculară cuprinde toate metodele, teoretice și computaționale, care pot fi utilizate pentru a determina sau modela comportamentul și structura moleculelor.^[1] Metodele de modelare moleculară sunt utilizate în chimia computațională, în designul medicamentelor, în știința materialelor și ajută la studiul sistemelor moleculare, începând cu sistemele chimice mici și până la moleculele biologice de dimensiuni mari.

• metoda Hartree-Fock - semi-empirică
• metode bazate pe mecanica cuantică
• teoria funcționalei de densitate (DFT)^[2]

• A. R. Leach, Molecular Modelling: Principles and Applications, 2001, ISBN: 0-582-38210-6
• D. Frenkel, B. Smit, Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications, 1996, ISBN: 0-12-267370-0
• D. C. Rapaport, The Art of Molecular Dynamics Simulation, 2004, ISBN: 0-521-82568-7
• R. J. Sadus, Molecular Simulation of Fluids: Theory, Algorithms and Object-Orientation, 2002, ISBN: 0-444-51082-6
• K.I.Ramachandran, G Deepa and Krishnan Namboori. P.K. Computational Chemistry and Molecular Modeling Principles and Applications 2008 [1] ISBN: 978-3-540-77302-3 Springer-Verlag GmbH

• Chemoinformatică
• Chimie computațională
• Chimie cuantică