Lynskey a absolvit în 1994 Girls High School din New Plymouth, ea a fost fascinată încă de pe băncile școlii de actorie. La vârsta de 15 ani este descoperită ca talent de Fran Walsh și Pețer Jackson, care o conving să joace în filmul Heavenly Creatures. Succesul obținut după premiera filmului o determină să întrerupă studiul început în Wellington și să se mute la Los Angeles. Din anul 2001 a trăit cu actorul Jimmi Simpson cu care se căsătorește în Los Angeles în anul 2007 și de care divorțează in anul 2014.