Prima lucrare ca artist manga a fost Karakuri publicată de Shueisha în 1996. În anul 1999, Naruto a fost serializat în revista Shonen Jump, câștigând premiul lunar Hop Step Award. Naruto încă continuă cu peste 40 de volume, și până la volumul 36 a vândut peste 71 de milioane de copii în Japonia,[2] fiind adaptată și în două serii anime de succes. Seria manga Naruto a devenit una dintre cele mai productive proprietăți ale Viz Media,[3] fiind responsabilă pentru 10% din toate vânzările de manga din anul 2006. Al șaptelea volum lansat de Viz a devenit primul manga căruia i s-a acordat premiul Quill, dar și premiul Best Graphic Novel.
Kishimoto îl numește pe Akira Toriyama, creator al faimoasei serii mangaDr. Slump și Dragon Ball, ca unul din cele mai mari influențe.[7] Când a fost întrebat într-un interviu cu Shonen Jump care a fost povestea si personajul său favorit din Dragon Ball, Kishimoto a răspuns că i-a plăcut seria până la venirea lui Freeza și că îl admira pe Kuririn, un personaj cu care se putea compara.[8] Kishimoto a insinuat că filmul de lung metraj Akira i-a influențat semnificativ arta, inclusiv seria manga a lui Katsuhiro Otomo.[8]