A fost educată alături de frații ei și a fost unul dintre cei mai străluciți copii ai ducelui. Când fratele său Francesco nu a înțeles lecția la limba greacă, profesorii au pus-o pe Maria să-i explice. Maria a crescut mai mult izolată de frații și surorile sale și s-a maturizat într-o fată elegantă și extrem de educată.
Potrivit unei legende, deși Maria era bine păzită de bărbați, a reușit să se îndrăgostească de un tânăr, Malatesta de Malatesti, în secret. Conform poveștii, ea a fost înjughiată în inimă de tatăl ei, după ce acesta i-a prins împreună pe cei doi tineri îndrăgostiți. Se presupune că Ducele a declarat că fiica sa a murit de febră apoi l-a aruncat pe iubitul ei în închisoare.
Alte surse indică faptul că Maria a murit de malarie. Tatăl ei a plâns-o mult timp și i-a păstrat portretul în dormitorul său până la sfârșitul vieții. Sora ei, Lucrezia, s-a căsătorit mai târziu cu Alfonso.