Și-a început activitatea de antrenor la nivel profesionist la vârsta de 35 de ani, prima echipă antrenată fiind Camacha. A trecut apoi la Chaves, iar în sezonul 2009-10 a obținut promovarea în Primeira Liga cu Beira-Mar. Ulterior, a antrenat pe Braga, Olympiacos și Sporting CP.
În 2014, Jardim a ajuns la Monaco cu care a devenit campion în Ligue 1 în sezonul 2016–17. A fost demis în 2018, fiind înlocuit de Thierry Henry, dar readus la conducerea echipei în ianuarie 2019. În decembrie același an, a fost din nou concediat.[1]
La 2 iunie 2021, clubul saudit Al-Hilal, condus în trecut și de Răzvan Lucescu, a anunțat numirea lui Jardim în funcția de antrenor principal.[2]