Începând din 2003[5], Ion Crăciun a antrenat timp de șase ani echipa de handbal masculin CSM Medgidia, de care s-a despărțit în iunie 2009 din cauza problemelor financiare ale acesteia[6]. Din vara anului 2009 și până în martie 2010, Crăciun a antrenat echipa masculină HC Minaur Baia Mare, iar în această perioadă numele său a fost vehiculat și pentru preluarea postului de antrenor secund la echipa națională a României[7].
În martie 2010, Crăciun a demisionat de la Minaur, confruntată la rândul ei cu grave probleme financiare[8][9], și a devenit antrenorul echipei de handbal feminin CS Tomis Constanța[8][10], cu care a obținut medalia de bronz în Liga Națională.
În noiembrie 2010, Ion Crăciun a semnat un contract cu echipa masculină a orașului, HCM Constanța[11][12]. La sfârșitul sezonului 2010–2011, antrenorul a câștigat cu HCM Constanța titlul național[13] și Cupa României, fapt ce a permis echipei ca în noul sezon să evolueze în Liga Campionilor. Rezultatele slabe obținute în competiția europeană l-au determinat să-și dea demisia, în octombrie 2011[14]. Inițial respinsă de conducerea clubului[15], aceasta i-a fost totuși ulterior acceptată, în noiembrie 2011[16].
Crăciun s-a întors la echipa feminină, redenumită între timp CSU Neptun Constanța și retrogradată în Divizia A. În iunie 2012, el a fost vizat pentru preluarea postului de antrenor al echipei naționale de handbal feminin a României[17], dar acest lucru nu s-a materializat. În 2013, Ion Crăciun a reușit să promoveze din nou echipa CSU Neptun Constanța în Liga Națională și a rămas antrenorul acesteia până în vara anului 2015, când CSU Neptun, măcinată de probleme financiare, a retrogradat în Divizia A.
În noiembrie 2015, lui Ion Crăciun i-a fost încredințată comanda echipei naționale de tineret a României[18], cu care a obținut apoi medalia de bronz la Campionatul Mondial din 2016. Mandatul lui s-a încheiat în octombrie 2017, Crăciun nedorind să mai continue în acest post[4]. Din vara anului 2018, el este antrenorul Coronei Brașov.
