La 20 septembrie 1870, după breșa efectuată de armata italiană în Zidul Aurelian, a încetat lupta, la ordinul papei Pius al IX-lea. Papa a preîntâmpinat astfel pierderea de vieți omenești, demonstrând însă caracterul violent al anexării Romei de către Regatul Italiei.
Hermann Kanzler a deținut în continuare, până la decesul său, funcția de ministru pontifical al Apărării și de comandant al trupelor pontificale, retrase în interiorul Cetății Vaticanului.
A fost înmormântat în cimitirul Campo Verano. Inscripția de pe mormântul său este BONVS MILES („Bun soldat”).