Pasiunea sa pentru fungi și alge i-a fost insuflată de Georg Fresenius pe care l-a avut ca profesor la Institutul Senckenberg din orașul natal.
Anton de Bary a studiat medicina la Heidelberg, Marburg și Berlin, unde obține definitivatul în 1853 cu dizertația "De plantarum generatione sexuali", din domeniul botanic.
În 1867 se mută la Universitatea din Halle-Wittenberg și devine succesorul lui Diederich Franz Leonhard von Schlechtendal.
Acesta din urmă, împreună cu Hugo von Mohl, este fondatorul publicației de profil Botanische Zeitung.
La scurt timp, Anton de Bary devine co-editor și apoi editor unic al acestei reviste.
După războiul franco-german, de Bary este numit profesor de botanică la Universitatea din Strasbourg.