Între 2007 și 2011, Bakayoko a fost ministru al Noilor Tehnologii, Informațiilor și Comunicațiilor în guvernul lui Guillaume Soro.[21] În 2011, a devenit ministrul de interne al Coastei de Fildeș în guvernul lui Alassane Ouattara.[21][20] L-a susținut pe Roch Marc Christian Kaboré la alegerile generale din Burkina Faso din 2015.[19] În 2016, a rămas ministru de interne în noul guvern al lui Daniel Kablan Duncan.[23] În 2017, a devenit ministrul Apărării din Coasta de Fildeș,[20] într-un moment în care armata se confrunta cu multe revolte.[24] În acel an, a lucrat ca mediator în negocierile cu Togo.[19] În 2018, Bakayoko a devenit primar al Abobo din districtul Abidjan.[21][19]
În mai 2020, Bakayoko a devenit prim-ministru interimar, când prim-ministrul Amadou Gon Coulibaly a plecat în Franța pentru un examen cardiac și pentru a se odihni.[25] Coulibaly s-a întors pe 2 iulie și și-a reluat atribuțiile, dar la mai puțin de o săptămână mai târziu, i s-a făcut rău în timpul unei reuniuni a cabinetului și a murit.[26] Bakayoko a preluat funcția cu titlu interimar[27] și a fost confirmat în funcție la 30 iulie 2020. La 8 martie 2021, a fost înlocuit de Patrick Achi ca prim-ministru interimar și fratele mai mic al președintelui Ouattara, Téné, a devenit ministru interimar al apărării.[28]
Decesul
Bakayoko a anunțat pe 6 aprilie 2020 că a fost testat pozitiv pentru COVID-19, urmat pe 17 aprilie de un anunț că și-a revenit complet.[29] Ulterior, a suferit o a doua infecție cu coronavirus și malarie severă.[30]
A primit un tratament îndelungat în Franța de două ori la începutul anului 2021.[30] La 6 martie 2021, a fost transferat la Centrul Medical Universitar Freiburg pentru tratament suplimentar. S-a spus că a fost supus unui tratament pentru cancer acolo și s-a spus că este „în stare critică”.[31] Președintele ivorian, Alassane Ouattara, a anunțat prin Twitter că Bakayoko a murit pe 10 martie 2021, la două zile după împlinirea a 56 de ani.[32][33]