După terminarea studiilor muzicale la pian și trompetă în Douai, a urmat cursurile de dirijat cu André Cluytens la conservatorul din Paris (Conservatoire national supérieur de musique et de danse de Paris).
A debutat ca dirijor în anul 1946, la vârsta de 22 de ani, la opera din Marseille. Prêtre a fost director general la Opera din Paris (Opéra National de Paris), iar din 1956 director la Opera Comică (Opéra-Comique) din Paris. Între anii 1986–1991 a fost prim-dirijor străin invitat (Erster Gastdirigent) la Filarmonica din Viena. A dirijat în mod regulat orchestrele marilor filarmonici din Europa și America. În anul 1966 a dirijat la festivitatea de redeschidere a Operei Metropolitane (Metropolitan Opera) din New York. În anul 2008 și 2009 a dirijat, la vârsta de peste 80 de ani, Orchestra Filarmonică din Viena la Concertul de Anul Nou, și Teatrul La Fenice (Teatro La Fenice) din Veneția.
Distincții
Chevalier, Officer Ordre du Mérite de la République italienne (1975)
Commandr. Ordre du Mérite de la République italienne (1980)
Europa Prize (1982)
Victoire de la Musique Award (cel mai bun dirijor, 1997)