O lună mai târziu el a devenit Duce de Savoia, la moartea tatălui său, dar acest lucru a fost doar onorific, marea majoritate a teritoriilor fiind ocupate și administrate de către francezi din 1536. În schimb, el a continuat să servească sub habsburgi în speranța că își va recupera pământurile. A servit pentru vărul său Filip al II-lea al Spaniei ca guvernator al Țărilor de Jos în perioada 1555-1559.[3] Din această poziție el personal a condus invazia în nordul Franței și a obținut o victorie strălucitoare în Bătălia de la Saint-Quentin la 10 august 1557.[4]
În urma morții unchiului său, Henric I al Portugaliei, la 31 ianuarie 1580, Emanuel Filibert a luptat să-și impună drepturile la succesiunea tronului portughez. Și-a dat seama repede că avea o poziție fragilă din cauza pretențiilor lui Filip al II-lea, care a preluat controlul țării, unind Spania și Portugalia.
Emanuel Filibert și-a petrecut domnia recâștigând ceea ce s-a pierdut în războaiele costisitoare cu Franța. Bun strateg politic el a profitat de diferite certuri în Europa pentru a recâștiga încet teritoriile atât de la francezi cât și de la spanioli, inclusiv orașul Torino. De asemenea, el a cumpărat două teritorii. Pe plan intern, el a mutat capitala ducatului de la Chambéry la Torino și a înlocuit latina ca limbă oficială a ducatului cu italiana.[6] El încerca să dobândească teritoriul Saluzzo atunci când a murit la Torino.[7]
