Curând a devenit clar: cuplul nu a fost fericit unul cu altul. Regele Frederic a sperat că mariajul ar duce la producerea unui moștenitor, însă a observat că Frederic Wilhelm își neglija soția și îi era necredincios. Când primul lor copil s-a dovedit a fi o fată, relația lor s-a deteriorat. Rănită de neglijarea soțului ei și infidelitatea sa, Elisabeth a început să aibă aventuri cu muzicieni și ofițeri din Potsdam, lucru care a condus la un scandal în 1769 când a rămas însărcinată.
A plănuit să fugă împreună cu amantul ei însă a fost trădată și căsătoria a fost dizolvată în câteva zile. Frații Elisabetei au forțat-o să plece. Prințesei nu i s-a permis să-și păstreze titlul. Regele și-a forțat nepotul să se recăsătorească în termen de câteva luni.
În acest timp, Elisabeth a fost pusă sub arest la castelul din Stettin sub supravegherea unei rude. În cele din urmă, Frederic i-a îmbunătățit condițiile de viață. Începând cu anul 1774, reședința de vară a fost într-o mănăstire medievală din Jasenitz, acum parte a districtului Police în Pomerania. După moartea lui Frederic cel Mare în 1786, ea a fost tratată mai puțin strict. Când armata franceză a ocupat orașul în 1810, Elisabeth s-a mutat la o moșie în afara zidurilor orașului, pe care ea a numit-o Friedrichsgnade (mila lui Frederic).
Elisabeth a murit la vârsta de 93 de ani, supraviețuind tuturor fraților și surorilor sale. A avut un mausoleu separat deoarece nu a vrut să fie lângă rudele ei.
Waltraud Freytag • Ehrengard von Reden • Sibylle Kretschmer • Jutta Jorn • Brigitte von Dallwitz • Contesa Donata Emma de Castell-Rüdenhausen • Contesa Nina Helene Lydia Alexandra von Reventlow • Hon. Victoria Lucinda Mancroft • Alexandra Blahová Ziba Rastegar-Javaheri • Eva Maria Kuduicke • Heide Schmidt • Hannelore Maria Kerscher •Maria Vladimirovna, Mare Ducesă a Rusiei