El a sosit la conferință cu o zi întârziere, motivând că a fost reținut de anumite "afaceri oficiale", care ar fi solicitat întreaga sa atenție; de fapt, se pare că a suferit un preinfarct.
Rezultatele alegerilor generale din Anglia au devenit cunoscute în timpul conferinței. Ca urmare a înfrângerii suferite de Partidul Conservator în fața Partidului Laburist, Attlee a preluat șefia delegației britanice.
Acordul asupra reparațiilor de război. Aliații și-au estimat pierderile la 200 de miliarde de dolari SUA. La insistențele aliaților occidentali, Germania a fost obligată să plătească doar 20 de miliarde în proprietăți germane, produse industriale și forță de muncă. Până la urmă, izbucnirea Războiului Rece a împiedicat plata întregii sume.
Ca urmare a propunerii lui Stalin, Polonia nu a fost trecută pe lista beneficiarilor compensațiilor plătite de Germania, pentru că ar fi urmat să primească o parte de 15% din compensațiile cuvenite Uniunii Sovietice. Aceste sume nu au fost primite niciodată de polonezi.
Toate aceste probleme urmau să devină literă de lege prin hotărârile unei conferințe de pace care avea să fie convocată cât mai repede cu putință.
În timp ce granița dintre Polonia și Germania fusese practic determinată de transferurile forțate de populație asupra cărora se căzuse de acord la Potsdam, occidentalii au dorit ca la conferința de pace să fie confirmată linia Oder-Neisse ca un aranjament permanent. Acest aranjament nu a fost însă negociat așa cum s-a stabilit. Ca urmare, granița polono-germană a fost recunoscută prin înțelegeri bilaterale: în 1950 - între RDG și Polonia și în 1990 - între Germania (unită) și Polonia. În perioada războiului rece, acest statut de incertitudine a granițelor a dus la creșterea influenței Uniunii Sovietice asupra Poloniei și Germaniei.
Aliații occidentali, în special Churchill, aveau mari suspiciuni în ceea ce privește motivele lui Stalin, care instalase deja guverne comuniste în statele din Europa Centrală aflate sub influența sovietică. Conferința de la Potsdam a fost ultima conferință între aliați.
În timpul conferinței, Truman i-a vorbit lui Stalin de "arme noi mai puternice" nespecificate. Stalin care, în mod ironic, știa de existența armei nucleare americane cu mult înaintea lui Truman, a încurajat folosirea oricărui mijloc care ar fi grăbit sfârșitul războiului. Spre sfârșitul conferinței, Japoniei i s-a dat un ultimatum, amenințând-o cu "distrugerea imediată și totală", fără a menționa bomba nucleară. După ce Japonia a respins ultimatumul, americanii au lansat atacurile nucleare de la Hiroșima (6 august) și Nagasaki (9 august). Truman a luat decizia de a folosi armele atomice cât încă se mai afla la conferință.
În Comunicatul dat publicității de Conferința de la Potsdam a fost reluată problema criminalilor de război: „Criminalii de război, se spune in capitolul al III lea, Germania și indivizii care au participat la planurile sau executarea de întreprinderi naziste, tinzând sau înfăptuind atrocități sau crime de război, vor fi arestați și aduși în fața justiției. Șefii naziști, persoanele influente ale partidului și înalții demnitari ai organizațiilor și instituțiilor naziste, precum și orice alte persoane periculoase pentru ocupanții aliați sau pentru scopurile pe care ei și le propun, vor fi arestate și internate.” În acest scop, la 8 august 1945, la Londra, reprezentanții SUA, Marii Britanii, Franței și URSS au hotărât înființarea unui Tribunal Internațional pentru judecarea și pedepsirea principalilor criminali de război naziști.