Deși numele Allegan pare a fi derivat din Allegany, totuși numele a fost dat de Henry Rowe Schoolcraft pentru a aduce cu numele amerindian a altor cinci comitate din Noua Anglie. Numele „Allegany” derivă dintr-un cuvânt nativ american, oolikhanna, care semnifică „curs de apă frumos”. Un număr de cinci comitate din regiunea Statelor Unite cunoscută ca Appalachian sunt numite astfel, regăsindu-se sub diferite varietăți ortografice așa cum sunt Allegany, Allegheny ori Alleghany.
Istoric
Geografie
Conform datelor statistice furnizate de United States Census Bureau, comitatul are o suprafață totală de 4.745 km2 (sau 1833.31 sqmi), dintre care 2.141 km2 (ori 1005.83 sqmi) reprezintă uscat și mai mult de jumătate, 2.604 km2, reprezintă apă, circa 54,86 %.