În ultima vreme au apărut critici la adresa autorităților bisericești din partea credincioșilor palestinieni, care acuză ierarhia (în majoritate de origine greacă și elenofonă) de irosirea banilor bisericii și pentru faptul că membrii vorbitori de limba arabă ai bisericii sunt tratați ca niște credincioși de rangul doi.
În 2005, după depunerea din treaptă a Patriarhului Irineu I în contextul unui scandal privind o vânzare de pământuri către evrei, Sfântul Sinod al Bisericii a ales ca locum tenens al scaunului Ierusalimului pe mitropolitulCornilie al Petrei. La 22 august 2005 Sfântul Sinod l-a ales în unanimitate ca patriarh al Bisericii Ierusalimului pe fostul arhiepiscop de Thabor, acum preafericitul Teofil al III-lea, ca al 141-lea Patriarh al Ierusalimului.