La , Whittaker Chambers, un fost membru al Partidului Comunist din SUA, a depus mărturie în fața Comisiei pentru activități antiamericane a Camerei(d) (HUAC) că Hiss fusese comunist în secret pe când era angajat al guvernului federal. Hiss a negat categoric acuzația și, ulterior, l-a dat în judecată Chambers pentru calomnie. În timpul fazei exploratorii dinaintea procesului(d) cazului de calomnie, Chambers a produs noi dovezi care ar indica faptul că el și Hiss au fost implicați în spionaj. Un mare juriu(d) federal l-a acuzat pe Hiss pentru două fapte de mărturie mincinoasă. După anularea procesului din cauza unui juriu nehotărât(d), Hiss a fost judecat a doua oară, iar în ianuarie 1950 a fost găsit vinovat și a primit două pedepse concomitente de cinci ani, dintre care în cele din urmă a ispășit trei ani și jumătate.
Argumentele despre caz și validitatea verdictului au ocupat centrul dezbaterilor mai ample despre Războiul Rece, mccarthyism și amploarea spionajului sovietic în Statele Unite.[11] De la condamnarea lui Hiss, la dispută s-au adăugat afirmații ale părților implicate și noi probe. În anii 1990, doi foști ofițeri superiori militari sovietici responsabili de arhivele de informații militare ale Uniunii Sovietice au declarat, în urma unei căutări în acele arhive, că „serviciul de informații rus nu deține documente care să ateste că Alger Hiss ar fi cooperat cu serviciul nostru pe undeva” și că Hiss „nu a avut niciodată vreo relație cu serviciile de informații sovietice”.[12][13]Documentele Venona(d) din 1995 au oferit dovezi în sprijinul ipotezei că Hiss ar fi fost spion sovietic.[14] Autorul Anthony Summers(d) a susținut în 2000 că, deoarece multe dosare relevante continuă să fie indisponibile, controversa Hiss va continua să fie dezbătută, diviziunile politice marcând credința în vinovăția sau nevinovăția lui Hiss.[15][16] Hiss însuși și-a susținut nevinovăția până la moartea sa în 1996.
„... marea majoritate a istoricilor americani de astăzi și mai ales a celor specializați în aspectele interne ale Războiului Rece acceptă versiunea de ansamblu a evenimentelor prezentată de Chambers.”
„Totuși greul dovezilor istorice indică că Hiss a fost ... membru al undergroundului comunist și spion sovietic.” Elson, John (). „Gentleman and Spy?”. Time. Arhivat din original la . Accesat în .
„Cazul împotriva lui Hiss, care a fost puternic, dar controversat, încă de la condamnarea sa pentru mărturie mincinoasă... este astăzi unul clar ca urmare a noilor dovezi... din decriptările VENONA, dosare KGB puse la dispoziția lui Weinstein și Vassiliev... și arhivele ungurești de interogatorii ale colegului lui Hiss, Noel Field.”Andrew, Christopher; Mitrokhin, Vasili (). The Sword and the Shield: The Mitrokhin Archive and the Secret History of the KGB. New York: Basic Books. p. 591. ISBN978-0-465-00310-5.
„Până la urmă, publicarea interceptărilor Venona ... a lămurit chestiunea—pentru toată lumea mai puțin cei mai încăpățânați.” Stanley I. Kutler (). „Rethinking the Story of Alger Hiss”. FindLaw.
Dar:
"Majoritatea istoricilor i-au dat dreptate lui Weinstein. Au făcut-o însă nu pentru că dovezile împotriva lui Hiss ar fi clare și definitive, dar pentru că cutia de dovezi—plină deja de un amestec de detalii circumstanțiale—le lasă opțiunea ușoară de a-l găsi vinovat de o oarecare formă de activitate de spionaj în cadrul relației lui nebuloase cu Chambers.” Bird, Kai; Chervonnaya, Svetlana (). „The Mystery of Ales”. American Scholar.
În 1997, Allen Weinstein(d), în a doua ediție a cărții lui din 1978 Perjury: The Hiss-Chambers Case(d), spune că dovezile din dosarele Venona sunt „convingătoare dar nu categorice”.Weinstein 1997. pp. 5: pp. 316–317: pp 7: pp. 37, 46–47: pp. 153–157: pp. 163–170: pp. 499: pp. 502: pp. 519: pp. 512
