Al-Mustali a fost făcut calif de către vizirulal-Afdal Șahanșah și a fost succesorul lui al-Mustansir Billah. În ansamblu, al-Mustali era subordonat lui Șahanșah. O complicație cu alegerea lui al-Mustali a fost faptul că fratele său mai mare, Nizar, a fost considerat de susținătorii lui drept moștenitorul de drept al tronului. Aceasta a dus la o luptă pentru putere între fatimizi și, deși revolta lui Nizar nu a avut succes (încheind cu moartea în închisoare în 1097), abaterile de la regulile de succesiune au provocat o schismă printre musulmanii ismailiți șiiți. În Siria și Iranul conduse de selgiucizi, secta Nizari s-a dezvoltat ulterior.
