Originea abației datează de la călătoria lui Gioacchino da Fiore în munții La Sila, din Calabria, din anul 1188. Săpăturile arheologice au scos la iveală prezența primului edificiu ridicat de Gioacchino și finalizat în 1198, în localitatea Iure Vetere. Construcția abației a fost aprobată de regina Constanza a Siciliei după o vizită a abatelui Gioacchino la curtea regală din Palermo.
După moartea lui Gioacchino în anul 1202, prima mănăstire și edificiile sale anexate au fost arse de un incendiu în 1214, iar călugării Ordinului Florensian au decis să abandoneze locația Iure Vetere.
În 1215 a fost ales un sit nu departe de cel precedent, lângă valea râului Neto. Noua abație a Ordinului Florensian, ridicată tot conform planurilor lui Gioacchino da Fiore, a fost finalizată în 1230, în stil romanic. În secolele ulterioare caracteristicile au fost remodelate în diferite stiluri, inclusiv prin renovarea în stil baroc a interiorului edificiului.
