Duisenberg nasceu na cidade de Heerenveen, nos Países Baixos. Estudou economia na Universidade de Groningen, depois em relações económicas internacionais. Em 1965, obteve um doutorado; a sua tese foi "As consequências económicas do Desarmamento".
De 1973 a 1977, Duisenberg foi Ministro das Finanças no governo do Primeiro-Ministro Joop den Uyl. Pouco tempo depois, ele deu o seu assento no parlamento holandês para se tornar vice-presidente do Rabobank, um banco privado holandês. Dois anos depois, ele foi nomeado diretor do De Nederlandsche Bank, servindo como seu presidente de 1982 a 1997.
O seu mandato, no banco central holandês, foi marcado pela cautela e pela reserva. Sob a sua direcção, o florim neerlandês estava ligado ao marco alemão, e isso beneficiou a economia holandesa, devido à força da moeda alemã. Ele também seguiu o banco central alemão na taxa de juro, politicamente, pelo que ele foi chamado de "Sr. quinze minutos" porque ele rapidamente seguia qualquer alteração na taxa de juro, feita pelos alemães.
Primeiro presidente do Banco Central Europeu
Devido ao sucesso da sua política monetária, ele tornou-se bem conhecido em outros países europeus, e isso levou a sua nomeação em 1998 como o primeiro presidente do novo Banco Central Europeu, em Frankfurt, o que provocou um pesar na França, pois queriam que fosse um francês a ocupar o cargo. Um compromisso foi acordado (embora publicamente negado por todas as partes) em que Duisenberg iria estar no cargo, pelo menos, durante quatro anos [1], para depois dar o seu lugar ao francês Jean-Claude Trichet, diretor do Banco de França, a fim de satisfazer o presidente francês, Jacques Chirac, que queria um candidato francês.
Duisenberg anunciou que iria reformar-se em 9 de Julho de 2003, no seu 68.º aniversário, mas ele manteve-se em funções até Trichet ser ilibado de acusações de fraude em conexão com o colapso do banco francês Crédit Lyonnais. Trichet assumiu a presidência do BCE em 1 de Novembro de 2003.
Duisenberg morreu em 2005, com 70 anos de idade, enquanto estava de férias na sua vivenda em Faucon, perto de Orange, na França. Ele afogou-se na sua piscina depois de sofrer um ataque cardíaco, que aconteceu, possivelmente, devido ao seu histórico de fumador.
A cerimónia foi realizada no dia 6 de Agosto de 2005, no Concertgebouw de Amesterdão. Duisenberg foi enterrado na tarde desse dia, no cemitério de Zorgvlied, em Amesterdão.
