Casou com Abigail Hale (1733-1821), a 13 de Abril de 1758, e tiveram um filho, também William Prescott (Jr.) em 1762 que estudou direito e se fixou em Salem, onde se tornou num dos mais prestigiados advogados do seu tempo. A partir de 1808 passou a praticar em Boston, para onde se mudou com a família.
Para além de Bunker Hill, Prescott também serviu na guerra contra os franceses e índios e participou nas batalhas de New York em 1776 e de Saratoga em 1777.