A tradição universitária da Universidade de Goa iniciou-se ainda durante o domínio português, com a instalação de várias instituições de ensino superior, sendo a mais antiga o Colégio Médico de Goa, datado de 1691, seguido da Escola Matemática e Militar, fundada em 1817, e do Colégio de Farmácia de Goa, fundado em 1842. Essas escolas (a exceção da Escola Matemática e Militar, extinta em 1871) acabaram por compor gradualmente a Universidade de Goa, quando da sua fundação.
Após a anexação de Goa pela Índia em dezembro de 1961, a Universidade de Mumbai (UM) filiou, através do seu Centro de Instrução de Pós-Graduação e Pesquisa (Centre of Post-Graduate Instruction and Research; CPIR), localizado na capital do Estado, Pangim, os colégios que estavam em funcionamento em Goa, em junho de 1962.
A partir de 1963 governo indiano acabou por aumentar a oferta de cursos superiores, com a instalação de novas escolas, entre elas: O Colégio São Xavier (1963), Faculdade SS Dempo de Comércio e Economia (1966) e o Colégio de Engenharia de Goa (1967).
Em 1º de dezembro de 1984, após longa luta dos grupos pró-autonomia em Goa, foi assinada a Lei da Universidade de Goa, que desvinculou o CPIR da UM, e o converteu em Universidade de Goa (UG). A referida lei, inclusive, estendia a atuação da UG para os territórios de Damão e Diu, o que na prática nunca ocorreu.
Em 1º de junho de 1985 a Universidade de Goa deu seu arranque definitivo, oferecendo estudos de graduação e pós-graduação e programas de investigação.
É atualmente (2014) credenciada ao NAAC (Avaliação Nacional e Conselho de Acreditação) na Índia, com uma classificação de quatro estrelas. Ela está localizada no platô de Taleigão.
Estrutura orgânica
Sua composição orgânica é na verdade a integração de várias faculdades e escolas superiores, algumas fundadas ainda no período em que esteve como colônia portuguesa.
Faculdades
As faculdades que compõem a UG são:
Faculdade de Linguagem e Literatura
Faculdade de Ciências Sociais
Faculdade de Ciências Natuarais
Faculdade de Ciências Naturais e Meio Ambiente
Faculdade de Comércio e Estudos da Gestão
Faculdade de Medicina
Faculdade de Direito
Faculdade de Performance, Finas Artes e Música
Faculdade de Design
Faculdade de Educação
Faculdade de Economia Doméstica de Goa (Margão)
Sociedade Educacional de Mormugão—Faculdade de Artes e Comércio