O Transfer Pak foi incluído com o jogo Pokémon Stadium, já que a principal característica do jogo era importar Pokémons dos jogos do Game Boy. Pokémon Stadium também possuía um modo chamado "GB Tower" para jogar Pokémon Red, Blue, e Yellow no N64 através de um emulador de Game Boy embutido (que tinha os modos destraváveis "Doduo" e "Dodrio" que poderiam aumentar a velocidade do jogo em 2 e 3 vezes, respectivamente).
Foi originalmente planejado que o jogo Perfect Dark seria capaz de se conectar com a Game Boy Camera e tirar fotos das faces do jogador para inseri-las dentro dos personagens do Perfect Dark. Esta característica foi cortada na versão final. Ao invés disso, quando a versão do Game Boy era conectada com a do N64 através do Transfer Pak, o jogador destravaria um Cloaking Device para uso em qualquer momento, um R-Tracker para procurar qualquer arma escondida em uma fase, Hurricane Fists que permitiam um soco com mais força, e a famosa trapaça de Todas as Armas, que além de disponibilizar todas as armas do jogo, dava versões duplas de armas de uma mão e o acesso a todas as armas clássicas.
Não é possível jogar jogos de Game Boy no N64 com o Transfer Pak, como era possível com o Super Game Boy no SNES, apesar que os jogos de Pokémon (citados abaixo) eram possíveis de "emular" por dentro do Pokémon Stadium 2 (a qualidade gráfica era razoável até)
