Graduou-se em Engenharia de Alimentos pela FEA-UNICAMP em 1980, onde também concluiu sua dissertação de mestrado em 1984, e tem doutorados em engenharia de processos térmicos pela Martin Luther Universität, na Alemanha (1987) e em ciências econômicas pelo Instituto de Economia da Unicamp (1997)[5].
Suas pesquisas em engenharia concentram-se nas áreas de bioenergia, biorrefinarias e processos de purificação de produtos alimentícios e agroindustriais.
A tecnologia desenvolvida como parte de seu doutorado no exterior rendeu-lhe o Prêmio Jovem Cientista de 1989[6], concedido pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), e é responsável atualmente por cerca de 30% da produção brasileira de álcool anidro.
Tom Zé tomou posse como o 13º reitor da história da Unicamp em 19 de abril de 2021, para mandato até dezembro de 2024, após vencer a consulta acadêmica[7] e ter seu nome confirmado pelo Conselho Universitário (Consu) e pelo então governador de São Paulo, João Doria (PSDB)[8][2][4]. No primeiro discurso, Tom Zé destacou como prioridades o fortalecimento de ações contra a Covid-19, aproximar a Universidade das demandas e carências da sociedade e, ainda, promover a valorização de professores e funcionários da Universidade[9][10].