A segunda, quatro anos depois, como comandante da Soyuz TM-27, foi outra estadia na Mir, onde ficou por 207 dias, em companhia do cosmonauta Nikolai Budarin.
Sua última missão foi um voo de sete dias, como comandante das Soyuz TM-32, em que foi lançado em abril de 2001,. Essa missão levou ao espaço o primeiro turista espacial, Dennis Tito, um empresário norte-americano e foi a primeira de Musayev à ISS.
Musabayev retornou comandando a Soyuz TM-31, que se encontrava há acoplada desde outubro de 2000 à estação como bote salva-vidas para os tripulantes da Expedição 1.
