Séculos mais tarde, em 1377, o Rei D. Fernando I de Portugal fundou aqui um santuário, para o qual a imagem foi transferida. Em torno deste santuário, e para acolher os romeiros que o procuravam, instalaram-se os primeiros habitantes, fazendo erguer as primeiras casas.
No contexto da Guerra Peninsular, quando da primeira invasão francesa em 1808, as tropas de Napoleão Bonaparte saquearam o Santuário e a povoação, que incendiaram parcialmente, na sequência da resistência popular. Alguns dos habitantes do local foram capturados e fuzilados pelos franceses no largo da Fonte Velha.
Até meados do século XX foi elevado o número de forasteiros que ali se deslocavam para venerar a Senhora da Nazaré na época das suas festas, no final do Verão. Com a popularização do Santuário de Fátima, o número de peregrinos e visitantes ao Santuário da Nazaré declinou progressivamente.
Entretanto, o Sítio da Nazaré, cercado por uma extensa muralha, com o santuário, as casas de romeiros, o paço Real, a casa do Reitor, o teatro, a praça de touros, as duas fontes e os dois grandes poços, denota, através desses equipamentos e da organização da sua malha urbana (com vários e espaçosos largos), a origem da povoação, vocacionada para receber sazonalmente grande número de romeiros e de festeiros, denominando-se Festas da Nazaré a maior aglomeração humana que ocorre anualmente no início de setembro.
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