Possui, desde sua formação, uma potencial rivalidade com o River Plate da cidade de Carmópolis. Assim, na edição do Sergipão 2013 realizou-se o mais famoso clássico argentino em solo sergipano. O primeiro confronto ocorreu em 6 de maio de 2013, na 5ª rodada da segunda fase do campeonato, com o placar de 0 a 0. O segundo confronto ocorreu em 20 de abril de 2013, na 14ª rodada da segunda fase do campeonato, com o placar de 2 a 1 para o River.
As cores, nome e uniforme do time são uma homenagem ao Boca Juniors da Argentina.
História
Tal como na edição da 2ª divisão de 2011, na edição seguinte da 2ª divisão de 2012, a equipe apresenta uma campanha consistentemente regular, acreditada pela mídia desportiva local como uma das favoritas para a conquista do acesso. No entanto, na fase final do campeonato cai desta última vez nas semi-finais ao empatar em 2 jogos contra o tradicional América da cidade de Propriá.[3]"Não fosse o pênalti cometido e convertido ao final do jogo de ida,[4] as chances de êxito do time teriam sido absolutamente maiores", lamentam os cronistas desportivos locais.[5][6]
Em 2016, o presidente do boca entrou com seu novo time na série A2, o Botafogo-SE[7] que também pertence ao patrono Gilson Behar conseguiu o tão sonhado acesso à elite do Futebol Sergipano em 2017.[8]
Em 2022 foi rebaixado no Campeonato Sergipano após terminar na vice lanterna com 4 pontos em 10 jogos.[9]
Mudança de cidade
Em 2011, em virtude de melhores condições de treinamento para a disputa da 2ª divisão do Campeonato Sergipano, a equipe transferiu-se da cidade de Cristinápolis, a qual tradicionalmente até então representava, para Estância, no litoral sul de Sergipe, uma cidade maior e mais próxima da capital Aracaju.[10]
Uma nova mudança em 2021, depois de perder seu maior patrocinador o Boca novamente muda de sede, desta vez volta para sua cidade de origem no sul sergipano[11]. Para o Sergipão 2021 mandou seus jogos no Estádio Geraldo Oliveira.
Parcerias e Grupo de investidores
O Boca Júnior firmou uma parceria com o grupo empresarial New Corporation, do ramo de importações, sediado em Curitiba e que tem como cartão de visita, o trabalho desenvolvido há um ano, à frente do Paraná Clube.
O projeto tem por iniciativa desenvolver um trabalho de base, de forma técnica e científica, na formação de atletas, investindo nas equipes de base, e garimpar atletas do futebol sergipano.
A princípio foram trazidos, a título de reforço, o treinador Luiz Juresco e cinco atletas profissionais.