Em 1978, foi convidado pelo chefão da Fórmula 1, Bernie Ecclestone, para assumir o cargo de médico-chefe da categoria, onde permaneceu até 2005. Após sua aposentadoria, se manteve como consultor do Conselho de Segurança da FIA, até 2011.
Um dia antes do tricampeão brasileiro falecer, Watkins, vendo que ele estava muito abatido com a morte de Ratzenberger e o grave acidente de Barrichello, sugeriu ao piloto que largasse a F1, devido o número crescente de acidentes, e que fossem pescar juntos.[2] Mais tarde, o Professor fez uma revelação sobre o atendimento à Senna, na curva Tamburello, quando fez uma traqueostomia no piloto:
“
Nós o tiramos do cockpit, tiramos seu capacete e entubamos. E eu percebi pelos seus sinais neurológicos, que era uma lesão letal à cabeça. Ele suspirou por um instante e seu corpo relaxou. E foi naquele momento… e não sou religioso, eu pude sentir que seu espírito havia partido.[1]
”
Morte
Sid Watkins morreu em 12 de setembro de 2012, sendo lembrado por sua importância no trabalho preventivo aos acidentes na Fórmula 1.[3][4][2]