Apresentado como bispo da vacante Diocese de Beja por decreto de 1 de Agosto de 1907 e confirmado, a 19 de Dezembro, por bula do Papa Pio X, foi sagrado, por D. António Barroso, na Sé do Porto, a 2 de Fevereiro de 1908, data em que também escreveu a primeira Carta Pastoral, na qual faz uma alusão aos «actos que são de domínio público e que tanto amarguram o coração da nossa Mãe, a Santa Igreja», devido ao estado lastimoso em que se encontrava a diocese, vítima da secular indiferença religiosa.
Tendo tomado posse, por procuração, a 9 de Fevereiro, entrou solenemente na diocese a 11 de Março, na Igreja do Salvador, tendo uma recepção fora do normal, pois, segundo os relatos da época, foi «imponentíssima e grandiosa» e o número de participantes rondava os seis mil. Como gesto de caridade cristã, D. Sebastião vestiu completamente meia centena de crianças pobres da cidade.
A sua primeira preocupação como Bispo de Beja foi a catequização do povo e o levantamento físico e moral do Seminário diocesano. No dia após a tomada de posse, começou a percorrer as paróquias da cidade. Tendo também conhecimento de que os presos da Cadeia Civil de Beja dormiam em más condições, deu-lhes, como esmola, vinte enxergas.
O caso Ançã
Ainda em 1908, Leite de Vasconcellos demitiu dois professores muito influentes do Seminário de Beja, o Padre Manuel Ançã, que, por motivos de disciplina, fora suspenso das suas funções de Escrivão da Câmara Eclesiástica, e o seu irmão, o Cónego José Maria Ançã,[1] que o apoiara. O Ministro da Justiça, Francisco José de Medeiros, invocando a prerrogativa da Coroa (Lei de 28 de Abril de 1845), segundo a qual o facto devia ter sido comunicado ao ministério, exigiu a recondução dos dois professores. O bispo não cedeu, o Governo não quis impor-se e o Ministro pediu a demissão.[2][3]
Este episódio seria bastante prejudicial para o prelado, já que os Padres Ançã (pouco dados ao celibato, vivendo em concubinato com duas mulheres, de quem tinham filhos), vingativamente, acusariam o prelado de ser homossexual. Este caso inspiraria, em 1910, o poema satírico-obsceno e anti-clericalO Bispo de Beja, de Homem-Pessoa, um autor anónimo, talvez pseudónimo do seu editor, Santos Vieira.
Perseguição republicana e exílio
Inicia pelos vários concelhos a sua visita pastoral e, a 28 de Setembro de 1910, dirige-se às freguesias dos concelhos de Moura e Barrancos, permanecendo até ao dia 5 de Outubro, altura em que se deu a proclamação da república.[4] Querendo regressar à cidade, é avisado, pelo Vice-Reitor do Seminário, do lastimoso e inconveniente estado da cidade em estado de revolução, bem como dos desacatos cometidos no Paço Episcopal, do qual foram roubados documentos, móveis e obras de arte que foram queimados em frente da mesma habitação.
Vendo-se impotente e com ameaças de morte, decide refugiar-se em Rosal de la Frontera, Espanha, e, mais tarde, no Seminário de Sevilha, esperando a altura propícia para regressar à diocese. Comunicando, cinco dias depois, a sua ausência ao Ministro da Justiça, bem como as nomeações para Governadores do Bispado (o Vigário-Geral mais dois Cónegos substitutos), o Governo respondeu-lhe, com arrogância, a 21 de Outubro, suspendendo-o de todas as temporalidades, por se ter ausentado sem licença do poder civil, e declarou nulas as nomeações que tinha feito.
D. Sebastião consultou a Santa Sé, a fim de mostrar a sua disponibilidade para renunciar ao bispado, o que não lhe foi concedido. No entanto, o Governo confiou provisoriamente a liderança da diocese ao Arcebispo Metropolita de Évora, D. Augusto Eduardo Nunes.
Embora os bispos portugueses tenham manifestado ao Ministério da Justiça a defesa de D. Sebastião, o Governo, por decreto de 18 de Abril de 1911, destituiu o prelado pacense das suas funções e instaurou contra ele um processo judicial.
Escudo ovado partido em pala. Na primeira, as armas dos Leites, em campo verde, três flores-de-lis de ouro em roquete. Na segunda, as armas dos Vasconcellos, em campo preto, três faixas veiradas de prata e goles, sendo a prata em cima e os goles em baixo. No meio, escudete ovado, de campo azul, com bordadura de ouro, carregado, no contra-chefe, com o castelo de três torres de Beja, da sua cor, e, em cima, com as iniciais dos nomes de Jesus, Maria, José, de ouro, encimadas pela Cruz da redenção, também de ouro. Divisa: «Omnibus omnia factus — Fiz-me tudo para todos».
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