Santa Francisca Romana casou-se em 1396 com Renzo Ponziani e se mudou para o Palazzo Ponziani, no Trastevere. Ela cuidava dos pobres e dos enfermos, especialmente no caso de epidemias e carestias. Ela criou um hospital no palácio da família e também passou a atuar nos hospitais de Santo Spirito in Sassia, Santa Maria in Cappella e Santa Cecilia in Trastevere. Segundo a lenda, ela também criou um oratório no palácio. Em 1425, Francisca fundou a Compagnia delle Oblate del Monastero Olivetano di Santa Maria Nova, conhecido desde 1443 como Nobili Oblate di Tor dei Specchi. O marido de Francisca morreu em 1433 e ela passou a viver no mosteiro em Tor dei Specchi. Ela morreu em 9 de março de 1400 no Palazzo Ponziani[2]. Depois disto, é possível que uma capela tenha sido construída no palácio, mas não há suporte documental para esta hipótese[3].
A partir de 1799, Gioacchino Michelini (1768–1825), um padre da vizinha igreja de San Salvatore a Ponte Rotto[4] passou a dar aulas de catecismo para crianças pobres no palácio[2] e utilizou a capela para seus sermões e para orações do rosário. O palácio, que na época era chamado de Palazzo Ponziani-Altieri, foi alugado para os Michelini em 1804. No mesmo ano, o cardealLeonardo Antonelli visitou o palácio e a capela. Em 1805, reformas e ampliações foram realizadas no local e um albergue foi criado para os catecúmenos.[3][2]. A instituição era conhecida como Opera Pia di Ponte Rotto, aprovada pelo papa Pio VII em 1807[2]. Nesta época uma capela dedicada a Virgem Maria foi construída e um ícone foi colocado no local, conhecido como Madonna Refugium Peccatorum. Em 1816, o oratório foi visitado pelo próprio Pio VII. Michilini morreu em 1825 e seu sucessor, Antonio Muccioli (m. 1842), restaurou o albergue e a capela[3]. O instituto também se envolveu no passado com várias outras igrejas na região, como Sant'Eligio dei Sellai (de 1821 até o fim do século XIX) e Santa Maria Assunta al Gianicolo.
No final da década de 1820, São Vicente Pallotti proferiu seis sermões no oratório. o papa Pio IX, que havia pregado no local quando era padre, deu a Primeira Comunhão para sessenta crianças ali em 1851 e abriu o albergue para veteranos de guerra. Em 1938, um novo piso foi colocado na capela. Em 23 de maio de 1959, o papa João XXIII celebrou a missa no local, na qual deu a Primeira Comunhão para quarenta crianças. Em 1975, uma ampla reforma do edifício foi realizada[3].
Até 1957, residiam no local irmãs da ordem das "Irmãs da Misericórdia" (em inglês: Sisters of Mercy) e freiras carmelitas descalças de São Pedro de Alcântara. Naquele ano, a obra foi assumida pelas Oblatas de Santa Francisca Romana e, treze anos depois, pelas irmãs paulinas. Entre 1977 e 1981, as oblatas reassumiram. A Opera Pia di Ponte Rotto, aprovada legalmente m 1977, passou a gerir o palácio a partir de então[3], que hoje serve como albergue para peregrinos e como centro de convenções.
Gigli, Laura (1980). Rione XIII: Trastevere. Col: Guide rionali di Roma (em italiano). 1 2 ed. Roma: Fratelli Palombi Editori. OCLC312346318
Kuhn-Forte, Brigitte (1997). Handbuch der Kirchen Roms. 4. Band, Die Kirchen innerhalb der Mauern Roms. Die Kirchen von Trastevere (em alemão). Purkersdorf: Verlag Brüder Hollinek. ISBN3-85119-266-4
Mancini, Claudio (1971). Droulers, Paolo; Martina, Giacomo; Tufari, Paolo, eds. La Vita religiosa a Roma intorno al 1870: Ricerche di storia e sociologia (em italiano). Roma: Università Gregoriana Editrice. p. 137–174. OCLC163707162