Em uma loja de sobá (macarrão), Mizu encontra um "comerciante de carnes" (um fornecedor de mulheres para bordéis) com uma pistola ocidental. Mizu força-o a revelar o nome do traficante de armas, Heiji Shindo. Ringo, o atendente da cozinha, segue Mizu e implora para ser aceito como aprendiz.

Princesa Akemi, filha única do Lorde Daiichi Tokunobu, Daimiô de Quioto, convence seu pai a aprovar do casamento dela com Taigen, um jovem e talentoso samurai. Mizu busca uma reunião com o mestre do Dojo Shindo para descobrir a localização de seu irmão, Heiji Shindo. Quando o pedido é negado, começa um conflito; Mizu facilmente derrota os estudantes. Taigen, que atormentava Mizu quando criança, agora é o campeão premiado do dojo, mas quando Mizu o derrota, o mestre revela a localização de seu irmão.

Relutantemente permitindo que Ringo se junte a ela, Mizu chega a uma cidade costeira, buscando contratar um barco para chegar ao forte de Shindo, que fica em uma ilha. Shindo e o estranjeiro planejam uma 'surpresa' para o Xogum em Edo. Taigen busca Mizu para recuperar sua honra. Por causa da derrota de Taigen, o pai de Akemi planeja casá-la com o segundo filho viúvo do Xogum e a levará para Edo em 5 dias, apesar de suas objeções. Ela decide fugir em busca de Taigen, embora Teki, o criado de seu pai, a pegue e, incapaz de impedi-la, junta-se a ela.

Taigen e Ringo levam Mizu para um abrigo em um santuário próximo. Mizu concorda com um contrato para duelar com Taigen quando ela estiver recuperada. Um homem enorme com uma clava entrega um convite para uma "cerimônia do chá" com Heiji. Embora Taigen suspeite que se trata de uma armadilha, Mizu aceita e os dois viajam para o encontro. Heiji dá a Mizu três opções: ser paga para renunciar à sua vingança, ser contrabandeada para o castelo de Heiji em barris de saquê para matar o homem branco ou recusar e ser morta por arqueiros supostamente escondidos nas proximidades. Mizu aceita o blefe de Heiji e corta seu braço. Taigen e Mizu escapam com a ajuda de Ringo enquanto são bombardeados por centenas de flechas. Depois disso, Mizu deixa Taigen inconsciente e o deixa com a lâmina quebrada de Chiaki e um bilhete prometendo comparecer ao duelo em um momento posterior. Em seguida, Taigen é sequestrado e levado para o castelo de Heiji.

Mizu procura o bordel de Madame Kaji para saber o que Heiji Shindo revelou sobre a forma como as prostitutas entram no castelo de Abijah Fowler, o homem branco que ela está procurando. Kaji promete lhe dar a informação se Mizu concordar em matar Kinuyo, uma garota surda-muda que estava sob os cuidados de Kaji antes de ser levada à força pelo chefe da máfia local das "mil garras", Hamata. Mizu executa sua tarefa e deixa a cena do crime, fazendo com que a morte de Kinuyo pareça um acidente. No entanto, ao sair, um garoto a vê; Hamata chega ao bordel de Kaiji com seus lutadores e ordena que matem todos.

Depois de perceber que Akemi fugiu, Lord Daiichi envia seus homens atrás dela. Akemi acaba na mesma cidade que Mizu e a vê com o cachecol de Taigen, entrando no bordel. Akemi convence o fornecedor a negociá-la lá. Para provar sua competência, quando encarregada por Madame Kaiji de dar prazer a um cliente veterano com dificuldades de ereção, ela usa com tato o interesse dele por poesia e sua proficiência no assunto para estimulá-lo e levá-lo ao clímax.

Enquanto está sendo aplaudida por seu talento, ela se voluntaria para servir Mizu em uma tentativa de drogá-la.

Diante da ameaça dos homens de Hamata, Mizu reúne as mulheres do bordel no porão e encarrega Ringo de protegê-las. Dentro do bordel, ela começa a matar os mil garras individualmente, mas um deles consegue ferir Mizu, fazendo com que ela aos poucos perca as forças.

Em um sonho desperto que Mizu tem enquanto está sendo atacada, alegórico com a história do primeiro rōnin, Mizu é vista recebendo um ferimento semelhante de alguns gângsteres e, mais tarde, é salva por sua mãe supostamente morta, que arranja um casamento entre Mizu e um samurai desonrado, Mikio. Aos poucos, Mizu se abre para o novo marido, mas quando ela o vence em uma luta, ele a chama de monstro. Ele não a ajuda quando soldados chegam para cobrar a recompensa por sua cabeça. Sentindo-se traída, ela luta contra o grupo e os mata. Mikio e a mãe de Mizu discutem sobre quem traiu Mizu. Mikio esfaqueia a mãe de Mizu até a morte.

Mizu mata Mikio e vai embora. Uma peça narrada de teatro de fantoches bunraku intercala e complementa a narrativa, com sua protagonista feminina se transformando em um Onryō, um espírito vingativo.

Na realidade, Mizu está presa, mas consegue recuperar suas forças, transforma sua espada em uma Naginata improvisada e mata os homens de Hamata. Os homens enviados por Lord Daiichi chegam para levar Akemi de volta para casa e, embora ela implore a Mizu para ajudá-la, ela não intervém. Ringo, irritado com a decisão insensível de seu mestre, termina seu aprendizado.

Mizu segue as instruções transmitidas por Madame Kaji e encontra a passagem subterrânea para o castelo repleta de esqueletos de mulheres e bebês. Ao tentar destrancar a porta para sair do túnel, ela aciona acidentalmente uma armadilha de água e consegue por pouco escapar do afogamento, mas perde a maior parte de seu equipamento. Sua entrada secreta é descoberta quando um soldado dispara o alarme, interrompendo a reunião de Heiji e Fowler no nível superior com dois dos conselheiros do Shogun, enquanto eles conspiram para matar o Xogum e sua família para tomar o poder à força usando as armas em posse de Fowler.

Ringo salva Mizu e Taigen, levando seus corpos inconscientes para a cabana do Pai das Espadas. Enquanto se recupera, o relacionamento de Mizu com Taigen começa a tomar um rumo não combativo e sugestivo. Isso é desfeito quando ela revela o casamento de Akemi com o filho do Xogum e o ataque iminente de Fowler ao Xogunato. Taigen rejeita a lâmina quebrada de Mizu e parte para Edo para salvar Akemi e avisar o Xogum, prometendo matá-la quando retornar. Depois de várias tentativas fracassadas e de uma epifania que resulta em um conserto de laços com Ringo, Mizu consegue recriar a metalurgia do aço de sua espada, mas se abstém de reforjá-la até que tenha matado Fowler. Mizu e Ringo partem para Edo para salvar Akemi e matar Fowler.

Mizu pede a Ringo que espere nos esgotos enquanto ela salva Akemi e a envia em sua direção. Taigen encontra Ringo e eles decidem invadir o portão da frente para avisar o Xogum sobre o ataque iminente, que logo acontece quando o exército de Fowler rompe as defesas do castelo. Seki salva Akemi de sua cela, prendendo seu pai em seu lugar, mas eles são superados em número pelos soldados até a chegada de Mizu. Heiji abre o portão final por dentro, dando a Fowler acesso ao Shogun e sua família. Fowler mata o Xogum , mas os filhos e a esposa do Shogun escapam depois que Mizu invade o local, deixando Taigen para matar Heiji Shindo. Mizu subjuga Fowler depois de iniciar um incêndio ao tentar impedi-lo de fugir, que rapidamente se espalha pelo castelo e depois pela cidade.^[c]