Samuel iniciou sua carreira no juvenil do Grêmio e assinou um contrato de 3 anos em agosto de 2004.[1] Atuou em cinco partidas no ano de 2005 pelo Grêmio na Copa do Brasil. Nessa temporada, ele também ajudou o time gaúcho no acesso à Série A de 2006 com o título da Série B de 2005. Ele ainda foi emprestado ao Juventude e para o Avaí.
Ainda no mesmo ano, Samuel seguiu para o Vila Nova, em 5 de setembro. Atuando quase sempre como reserva, ajudou a equipe a terminar a Série C em terceiro lugar e ganhar o acesso à Série B de 2008.
Em janeiro de 2008, Samuel assinou um contrato com o Paysandu até o final do Campeonato Paraense. O time terminou como o vice-campeão do segundo turno do campeonato e o terceiro no geral,[2] e Samuel marcou nove gols em 11 jogos. Depois, ele renovou com o Paysandu em agosto, até o final da Série C de 2008. A equipe não conseguiu avançar para a fase final da Série C, Samuel só fez sua estreia na 11ª rodada.