Samuel Shafiishuna Daniel Nujoma nasceu em Etunda, uma aldeia em Ongandjera, perto da cidade de Okahao, Ovamboland, sudoeste da África em 12 de maio de 1929.[3]Nujoma é filho de Helvi Mpingana Kondombolo (1898-2008) e Daniel Uutoni Nujoma (1893 -1968). Ele é o mais velho dos onze filhos de seus pais. Passou grande parte da minha infância cuidando de seus irmãos e cuidando do gado da família e das atividades agrícolas tradicionais.
Suas oportunidades educacionais eram limitadas. Ele começou a frequentar uma escola missionária finlandesa em Okahao quando tinha dez anos e completou o Standard Six, que foi o mais alto possível para os negros durante o tempo. Em 1946, aos 17 anos, mudou-se para Walvis Bay para viver com sua tia, onde ele começou seu primeiro emprego em uma loja geral por um salário mensal de 10 xelins.
Trabalhou mais tarde em uma estação baleeira. Enquanto esteve exposto à política mundial, encontrou soldados da Argentina, Noruega e outras partes da Europa que vieram durante a Segunda Guerra Mundial. Em 1949, Nujoma mudou-se para Windhoek, onde começou a trabalhar como faxineiro para as Ferrovias da África do Sul (SAR), enquanto frequentava uma escola noturna adulta na St Barnabas Anglican Church School no Old Location de Windhoek, principalmente com o objetivo de melhorar seu inglês. Ele ainda estudou para o seu certificado júnior através de correspondência no Trans-Africa Correspondence College na África do Sul.[4]