Em 2022, o TCU decidiu que o ex-diretor de serviços da Petrobras devolva aos cofres públicos R$ 975 milhões, débito referente a prejuízos nas refinarias Premium I e II, que nunca foram concluídas. Duque comandou a diretoria da Petrobras de 2003 até 2015, nos governos Lula e Dilma.[5]
De acordo com os procuradores da força-tarefa do Ministério Público Federal (MPF), a pedido de Renato Duque, foram feitas 24 doações ao PT entre outubro de 2008 e abril de 2010, totalizando R$ 4,26 milhões.[6]
Segundo a Polícia Federal (PF), Duque é investigado por ter firmado contratos com um cartel de empreiteiras e desviado os recursos para a corrupção de políticos e agentes públicos.[4]
Na 56° fase da operação, foi identificado como recebedor de propinas em dinheiro vivo e mediante depósitos financeiros feitos por empresas de offshore, na construção do prédio que abriga a sede da Petrobras em Salvador.[7]
Em novembro de 2014, foi preso no âmbito Operação Lava Jato,[8] tendo sua prisão revogada em 2 de dezembro do mesmo ano pelo ministro do STF Teori Zavascki.[9]
Em 2 de setembro de 2015, Renato Duque, convocado para prestar depoimento na CPI da Petrobras, chamou de "mentiroso" um dos delatores da Operação Lava Jato Augusto Ribeiro de Mendonça Neto, ex-executivo da Toyo Setal. Eles participaram de acareação na CPI, juntamente com o ex-tesoureiro do PT João Vaccari Neto.[12]
Em 21 de setembro de 2015, Renato Duque foi condenado pelos crimes de corrupção passiva e lavagem de dinheiro. A condenação é referente a ação penal originada da 10ª fase da operação. Conforme a sentença Duque está proibido de exercer cargo ou função pública ou de diretor, membro de conselho ou de gerência das pessoas jurídicas.[6][13][14]
Em 8 de março de 2016, Renato Duque foi condenado em outro processo também por desvios na Petrobras pelos crimes de corrupção passiva e lavagem de dinheiro a 20 anos e 3 meses e 10 dias de prisão em regime fechado.[15] As duas condenações somam quase 41 anos de prisão, mas com 30 anos de cumprimento máximo conforme prevê o atual Código Penal.[1] A justiça determinou ainda o confisco até o montante de US$ 2.709.875.87 do saldo sequestrado na conta em nome da offshore Milzart Overseas, no Banco Julius Baer, no Principado de Monaco, com cerca de 20.568.654,12 euros. De acordo com a Justiça, a conta pertence a Renato Duque. "Observo que há indícios de que essa conta recebeu propinas também decorrentes de outros contratos da Petrobras, estando sujeitos o saldo à decretação de confisco em outras ações penais.", disse o juiz Sergio Moro.
Em junho de 2016, foi condenado a 4 anos de prisão. Com uma pena que ultrapassa 60 anos, Duque passou a colaborar com a justiça e aceitou renunciar aos 20,5 milhões de euros bloqueados em contas em Mônaco. Para o magistrado, "a renúncia de Duque vai facilitar o confisco e a repatriação dos valores, para posterior devolução aos cofres públicos". Duque já havia dito, em audiência, que renunciaria aos valores. Em razão dos crimes assumidos, a colaboração com as investigações e a facilitação da repatriação dos recursos, Duque ficará preso por cinco anos independente do somatório das condenações.[16] Se mentir, perde os benefícios.[16]
Em agosto de 2017, foi condenado a 10 anos e 8 meses de prisão por crime de corrupção passiva, relacionados a contratos da estatal petrolífera com a construtora Andrade Gutierrez. Somadas, as penas alcançam 73 anos e 7 meses de cadeia.[2] Em 12 de setembro de 2018, o TRF4 manteve a condenação pelo crime de corrupção passiva. No julgamento do recurso de apelação criminal, a 8ª Turma do tribunal ainda aumentou a pena de dez anos para 28 anos, cinco meses e dez dias de reclusão.[17]
Em 19 de novembro de 2018, foi condenado a 6 anos e 8 meses de prisão pela juíza Gabriela Hardt pelos crimes de corrupção passiva e lavagem de dinheiro no âmbito da Operação Lava Jato.[18][19]
Em 18 de julho de 2024, a Justiça Federal de Curitiba decretou a prisão do ex-diretor de Serviços da Petrobras Renato Duque.[20]
Em 17 de agosto de 2024, a Polícia Federal prendeu Renato Duque, que estava foragido desde julho do mês anterior, em Volta Redonda, na região Sul do Rio de Janeiro.[21]