Em 1898, Furuya Komahei foi o primeiro empresário japonês a abrir uma loja na África do Sul. A loja da Cidade do Cabo chamava-se Mikado Shōten (Loja do Imperador). Permaneceu aberto até 1942, quando foi fechado e confiscado pelo governo.[2]
Em 1904, as pequenas empresas de Iwasaki Kanzō em Durban receberam assistência pelo Ministério da Agricultura e Comércio do Japão.[3]
O Japão abriu um consulado na Cidade do Cabo em 1918.[4]
O Japão começou a negociar ativamente com a África do Sul por recursos naturais desde a década de 1960, apesar das sanções internacionais em resposta ao apartheid da África do Sul. Como resultado, os japoneses na África do Sul receberam o status de brancos honorários, devido à denúncia dos políticos do partido de oposição sul-africano e à imprensa que questionaram por que os japoneses receberam privilégios especiais.[5] Além disso, o apoio do Japão e a postura passiva em relação ao domínio da minoria branca compraram críticas de nações da África Negra. Em 1983, o embaixador da Tanzânia no Japão, Ahmed Hassan Diria, destacou que os lucros gerados pelos turistas japoneses que visitavam a África do Sul ajudavam a fortalecer o apartheid.[6]
Desde 1994, uma maior cooperação entre o Japão e a África do Sul tem sido limitada por conflitos burocráticos e institucionais internos nos dois países.[7]