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A fundação do Real Zaragoza aconteceria em 1903, quando pessoas da cidade, como empresários e advogados, fundaram o Zaragoza Football Club. Até o fim dos anos 1920, o Zaragoza e o Iberia S.C. criaram uma grande rivalidade entre si. Em 1932, porém, resolveram fundir-se por estarem em situação financeira complicada, e então surgiu o Real Zaragoza, que persiste até os dias atuais. E desde disto o Real Zaragoza não conseguiria ter bons resultados. Conseguiu classificar-se para a primeira divisão da La Liga logo na temporada 1935/1936. Teve de esperar, no entanto, a paralisação da competição em decorrência da Segunda Guerra Mundial.
Não seria, porém, uma seqüência duradoura. Depois do sétimo lugar logo na primeira temporada, o clube voltaria à segunda divisão dois anos depois. A partir daí, o Real Zaragoza passaria outros dez buscando o acesso, que só viria em na temporada 1951/1952.
Nessa década, o momento mais importante para o clube foi a inauguração do novo estádio. “La Romareda” foi um projeto de mais de dez anos, que gerou polêmica com os torcedores pelo fato de o nome ser do gênero feminino. A escolha, no entanto, acabou sendo aceita aos poucos.
Logo nas primeiras temporadas após a estreia, o time conseguiu um de seus melhores momentos. De 1960/1961 a 1967/1968, o Real Zaragoza ficou sempre entre os cinco primeiros do La Liga, conseguindo o terceiro lugar em duas oportunidades. Além disso, nesse período, o clube também chegou a quartas de finais da Copa da Espanha, sendo campeão em duas delas (1963/1964 e 1965/1966).
No início da década de 1970, o Real Zaragoza viveria um momento ruim. Depois de uma década entre os melhores do país, o time teve uma breve passagem pela segunda divisão espanhola em 1971/1972, mas logo retornou à elite. Seria, então, mais um momento de glórias, com o clube conseguindo um terceiro lugar e um vice-campeonato nas temporadas de 1973/1974 e 1974/1975, respectivamente. Depois desses dois anos entre os melhores, o Zaragoza teria uma queda brusca de rendimento e passaria o restante dos anos 1970 na parte mais baixa da tabela.
Na década de 1980, as atuações da equipe na La Liga não foram mais que razoáveis, mas o time viveu novo momento feliz na Copa da Espanha. Foi em 1985/1986, quando o Zaragoza venceu o Barcelona na final e conseguiu seu terceiro grande título.
Nos anos 1990, o melhor momento aconteceu na temporada 1993/1994, quando a equipe conseguiu o terceiro lugar na La Liga, e ainda a quarta Copa da Espanha de sua história. No ano seguinte, o Real Zaragoza arrebataria seu maior título em todos os tempos.
Já na temporada 2005/2006 o Zaragoza fez história chegando as finais da Copa del Rey, com uma vitória nas semifinais vencendo o temido Real Madrid em casa por incríveis 6 a 1 no dia 8 de fevereiro de 2006. Na partida de volta a equipe levou um susto tomando em 10 minutos 3 gols, com a pressão levou o quarto mas não cedeu, eliminando o Real Madrid e conquistando a vaga para a final. Mesmo assim desperdiçou a chance do título perdendo por mais uma goleada para o Espanyol por 4 a 1 no dia 12 de abril daquele mesmo ano. Com a colocação anterior na competição nacional, ganhou lugar na Taça dos Clubes Vencedores de Taças e venceu a final contra o Arsenal. Infelizmente o clube não foi bem na temporada 2007/2008 e acabou sendo rebaixado. Na temporada 2008/2009 o Real Zaragoza disputa a Segunda Divisão Espanhola.
Em abril de 2022, foi divulgada a aquisição de 51% das ações da SAD por um fundo de investimento internacional liderado por Jorge Mas.[3]