Seu primeiro trabalho na carreira solo, foi o álbum que levava o seu nome: Neal Morse. Este álbum contava com a épica "A Whole Nother Trip". Em 2003 lançou Testimony, álbum duplo que contou com Mike Portnoy na bateria, que já era seu colega no Transatlantic e mais tarde o acompanharia no Flying Colors também. Em 2004 lançou One e em 2005 o álbum Question Mark (?).
No ano de 2006, em parceria com Portnoy novamente, surgiu o projeto Cover to Cover com regravações de sucessos de Monkeys, Cream, U2, David Bowie, The Who, etc.
Em 2007, Morse volta a lançar um novo álbum, Sola Scriptura Mais uma vez, a bateria fica a cargo de Mike Portnoy, enquanto Randy George fica com o baixo e Morse faz vocais, guitarras e teclados. Nesse trabalho, houve a participação especial do guitarrista Paul Gilbert (Mr. Big, ex-Racer X), em "Upon the Door", "Do You Know My Name?" e na flamenca "Two Down, One to Go".
