Enquanto estava no avião Força Aérea 1, um comandante da marinha morre. Agentes da Navy NCIS decidem comandar a investigação e recrutam uma agente do serviço secreto para ajudá-los. Agora a equipe da NCIS precisa descobrir se a causa da morte do oficial foi natural ou não.

Durante um exercício de treinamento, um pára-quedista da marinha falha ao tentar abrir seu paraquedas e cai em cima de um carro estacionado. A equipe do NCIS chega à cena e busca por provas que confirmem suas suspeitas de assassinato.

Quando o corpo de um comandante da marinha é encontrado numa praia ao lado dos corpos de dois traficantes, Gibbs se recusa a acreditar que esse marinheiro foi assassinado por ser corrupto.

Um agente NCIS que costumava trabalhar sob as ordens de Gibbs pede a ajuda da equipe para investigar um caso onde navegadores de um cargueiro estão morrendo de overdose, mas não há histórico de uso abusivo de drogas.

Um corpo em decomposição é descoberto em um tubo de ácido em uma base naval, e Ducky e Abby descobrem que a vítima trabalhava em submarinos. Gibbs descobre que não há registros de um membro desaparecido, então ele deduz que algum dos colegas da vítima é um impostor. Com esta informação, a equipe precisa descobrir qual deles é o culpado, assim como o motivo para cometer o crime. Personagem recorrente: Sean Murray como Timothy McGee.

A equipe NCIS vai a Cuba investigar a ligação de um tradutor da marinha que faz contrabando em um centro de detenção depois que ele morre em seu carro quando voltava para os Estados Unidos.

Quando um comandante da Marinha que era o conselheiro técnico de um empreiteiro que estava construindo uma arma para a Marinha é encontrado morto na praia, a equipe de NCIS investiga o assassinato usando a tecnologia de satélite.

Gibbs põe sua carreira em risco quando seu ex-comandante é acusado de roubar os fundos.

Um terrorista mantém Ducky, Gerald e Kate como reféns enquanto a NCIS investiga como exatamente o membro da organização terrorista conseguiu um emprego na base marinha.

A equipe está procurando por um ex-SEAL que escapou da prisão em busca de revanche.

A equipe investiga o assassinato de um dos agentes da própria NCIS.

Um marinheiro desaparece depois de ter um encontro romântico com uma repórter. Durante a investigação, a equipe descobre que três ex-membros da mesma unidade do desaparecido estão mortos, e suspeita que o comandante da unidade seja um serial killer.

Quando o corpo de um marinheiro que foi assassinado é encontrado no meio de uma floresta, a investigação leva a equipe para um local militar e um acordo sobre armas não é cumprido. Personagens recorrentes: Sean Murray como Timothy McGee e Brian Dietzen como Jimmy Palmer

A equipe de Gibbs investiga a morte de um marinheiro durante um exercício de treinamento, e passa a suspeitar de que não foi um acidente, e sim um assassinato.

O terrorista de Bette Noir volta com um plano para atacar o Presidente.Gibbs e sua equipe seguem as pistas para revelar sua identidade e encontrar Kate, que foi seqüestrada.