Foi expandido em 1854 sob Pio IX(r. 1846–1878) com a incorporação do Museu Pio Cristão (em italiano: Museo Pio Cristiano). A coleção foi organizada pelos arqueólogos Giuseppe Marchi e Giovanni Battista de Rossi. Marchi coletou monumentos esculpidos do começo da era cristã, enquanto Rossi antigas inscrições cristãs; um terceiro departamento do museu consistiu de cópias de alguns dos importantes afrescos das catacumbas da cidade. Marchi foi nomeado diretor da nova instituição. Em 1910, sob o pontificado de Pio X(r. 1903–1914), o Lapidário Hebraico (em italiano: Lapidario Ebraico) foi estabelecido. Esta seção continha 137 inscrições de antigos cemitérios hebraicos em Roma principalmente da Via Portuense.[1]
O Museu Missionário Etnográfico (em italiano: Museo Missionario Etnografico) foi fundado por Pio XI(r. 1922–1939) com os documentos e relíquias exibidas em Roma na Exposição Missionário de 1925, e incluiu documentos histórias das Missões e relíquias de povos onde estas missões ocorreram. As três coleções foram transferidas, sob o pontificado de João XXIII(r. 1958–1963), do Palácio de Latrão para o Vaticano. Elas foram reabertas ao público em 1970. Elas ainda são chamadas ex Lateranense para indicar o antigo lugar de exibição. Atualmente o Palácio de Latrão está ocupado pelo Museu Histórico do Vaticano (em italiano: Museo Storico Vaticano) que ilustra a história dos Estados Pontifícios. Foi mudado para o palácio em 1987 e inaugurado em 1991.[1]
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