Na origem dos museu estão as coleções organizadas pelo padre Joseph Mayne (1723–1792) que, sob a administração da Academia, dirigiu a Aula Maynense, uma instituição de ensino superior, onde procurava «evidenciar as maravilhas da Criação».
Tal como a própria Academia, o Museu sofreu devido a várias décadas de gestões desastrosas, ligadas às várias revoluções que assolaram o próprio país, até que foi reorganizado por Rómulo de Carvalho, seu anterior curador, que também publicou dois estudos relacionados com o seu acervo[5].
Bibliografia
Carvalho, Rómulo de (1993). O material didáctico dos séculos XVIII e XIX do Museu Maynense da Academia das Ciências de Lisboa. Lisboa: Academia das Ciências de Lisboa
Carvalho, Rómulo de (2000). O material etnográfico do Museu Maynense da Academia das Ciências de Lisboa. Lisboa: Academia das Ciências de Lisboa. ISBN972-623-099-3