MicroRNA e microRNAs alvo nos bancos de dados

O banco de dados de microRNA e bancos de dados de alvos microRNA é uma compilação de bancos de dados[1] e portais e servidores da web usados para microRNAs e seus alvos. MicroRNAs (miRNAs) representam uma classe importante de pequenos RNAs não codificantes (ncRNAs) que regulam a expressão gênica por direcionamento a RNAs mensageiros. [2]

Bancos de dados microRNA

Nome Descrição modelo Link Referências
deepBase deepBase é um banco de dados para anotar e descobrir ncRNAs pequenos e longos (microRNAs, siRNAs, piRNAs ...) a partir de dados de sequenciamento profundo de alto rendimento. base de dados local na rede Internet [3]
miRBase O banco de dados miRBase é um banco de dados pesquisável de sequências e anotações miRNA publicadas. base de dados local na rede Internet [4]
microRNA.org microRNA.org é um banco de dados para padrões de expressão de microRNA observados experimentalmente e alvos de microRNA previstos e pontuações de downregulation de alvos. base de dados local na rede Internet [5]
miRGen 4.0 DIANA-miRGen v4: indexando promotores e reguladores para mais de 1500 microRNAs base de dados local na rede Internet [6]
miRNAMap miRNAMap: mapas genômicos de genes de microRNA e seus genes-alvo em genomas de mamíferos base de dados local na rede Internet [7]
PMRD PMRD: banco de dados de microRNA da planta base de dados local na rede Internet [8]
TargetScan O TargetScan7.0 classifica os microRNAs de acordo com seu nível de conservação (ou seja, espécie-específico, conservado entre mamíferos ou amplamente conservado entre vertebrados) e os agrega em famílias com base em sua sequência de sementes. Ele também anota isomiRs conservados usando pequenos conjuntos de dados de sequenciamento de RNA. [9] base de dados local na rede Internet [9]
VIRmiRNA VIRmiRNA é o primeiro recurso dedicado em miRNA viral experimental e seus alvos . Este recurso também fornece conhecimento inclusivo sobre miRNAs antivirais conhecidos por desempenhar um papel na imunidade antiviral do hospedeiro. Base de dados local na rede Internet [10]

 

  1. ↑ «MicroRNA and microRNA target database». Wikipedia (em inglês). 5 de julho de 2021. Consultado em 9 de dezembro de 2021 
  2. ↑ Bartel, D. P. (2009). «MicroRNAs: Target Recognition and Regulatory Functions». Cell. 136 (2): 215–233. PMC 3794896Acessível livremente. PMID 19167326. doi:10.1016/j.cell.2009.01.002 
  3. ↑ Yang JH, Shao P, Zhou H, Chen YQ, Qu LH (2010). «deepBase: a database for deeply annotating and mining deep sequencing data.». Nucleic Acids Res. 38 (Database issue): D123-130. PMC 2808990Acessível livremente. PMID 19966272. doi:10.1093/nar/gkp943 
  4. ↑ Griffiths-Jones S, Saini HK, van Dongen S, Enright AJ (2008). «miRBase: tools for microRNA genomics.». Nucleic Acids Res. 36 (Database issue): D154–D158. PMC 2238936Acessível livremente. PMID 17991681. doi:10.1093/nar/gkm952 
  5. ↑ Betel D, Wilson M, Gabow A, Marks DS, Sander C (2007). «The microRNA.org resource: targets and expression.». Nucleic Acids Res. 36 (Database issue): D149-153. PMC 2238905Acessível livremente. PMID 18158296. doi:10.1093/nar/gkm995 
  6. ↑ Perdikopanis N, Georgakilas GK, Grigoriadis D, Pierros V, Kavakiotis I, Alexiou P, Hatzigeorgiou A (2021). «DIANA-miRGen v4: indexing promoters and regulators for more than 1500 microRNAs». Nucleic Acids Res. 49 (D1): D151-159. PMC 7778932Acessível livremente. PMID 33245765. doi:10.1093/nar/gkaa1060Acessível livremente 
  7. ↑ Hsu PW, Huang HD, Hsu SD, Lin LZ, Tsou AP, Tseng CP, Stadler PF, Washietl S, Hofacker IL (2006). «miRNAMap: genomic maps of microRNA genes and their target genes in mammalian genomes.». Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D135-139. PMC 1347497Acessível livremente. PMID 16381831. doi:10.1093/nar/gkj135 
  8. ↑ Zhang Z, Yu J, Li D, Zhang Z, Liu F, Zhou X, Wang T, Ling Y, Su Z (2010). «PMRD: plant microRNA database.». Nucleic Acids Res. 38 (Database issue): D806-813. PMC 2808885Acessível livremente. PMID 19808935. doi:10.1093/nar/gkp818 
  9. ↑ a b Agarwal, Vikram; Bell, George W.; Nam, Jin-Wu; Bartel, David P. (12 de agosto de 2015). «Predicting effective microRNA target sites in mammalian mRNAs». eLife. 4: e05005. ISSN 2050-084X. PMC 4532895Acessível livremente. PMID 26267216. doi:10.7554/eLife.05005. Cópia arquivada em 27 de agosto de 2015 
  10. ↑ Qureshi, Abid; Thakur, Nishant; Monga, Isha; Thakur, Anamika; Kumar, Manoj (1 de janeiro de 2014). «VIRmiRNA: a comprehensive resource for experimentally validated viral miRNAs and their targets». Database: The Journal of Biological Databases and Curation. 2014: bau103. ISSN 1758-0463. PMC 4224276Acessível livremente. PMID 25380780. doi:10.1093/database/bau103