Sabemos pelas cartas que ela enviou para sua mãe e para outras pessoas, ela diz que o príncipe Fernando lhe causou uma grande decepção tanto por sua aparência física e seu comportamento. "Não há nada aqui que me agrade, porque o príncipe não faz nada mudar para melhor. Ele está sempre fazendo nada, indo e voltando pela casa e não querendo ouvir nada de sensato, sempre frio, sem fazer algo agradável, nem mesmo divertido", escreveu ela. E imediatamente apareceu o problema da impotência sexual do príncipe - provocada pela macrogenitossomia (desenvolvimento precoce e excessivo dos órgãos genitais) sofrida -, que a princesa só contou à mãe. Quase um ano levou o príncipe para consumar seu casamento. Por fim, "ele já é um marido", escreveu ela a rainha Maria Carolina. Depois disso, ela começou a melhorar sua visão do marido e de sua vida no tribunal, embora continuasse a reclamar do controle da rainha Maria Luísa sobre ela e suas atividades.
Após a consumação de seu casamento, Maria Antônia ficou grávida em 1804 e em 1805, com ambas gestações resultando em aborto. Sua mãe, após a execução de sua irmã e seu cunhado durante a Revolução Francesa, adotou uma política totalmente anti-francesa. Ela também se opunha fortemente à expansão militar da república francesa. Enquanto a Espanha se tornava mais facilmente dominada por Napoleão Bonaparte, havia rumores de que Maria Carolina queria que sua filha envenenasse a rainha da Espanha e Manuel Godoy, o primeiro-ministro da Espanha. No entanto, como a maioria dos rumores venenosos do período, é improvável que seja verdade, até porque as duas mulheres eram muito religiosas e porque os laços da corte espanhola com a França de Bonaparte não eram maiores ou menores do que outros países da Europa. A sogra de Maria Antônia, a rainha Maria Luísa, não gostava da nora e encorajava os rumores de envenenamento, submetendo seus livros e roupas a inspeção a fim de desacreditar ainda mais sua nora. Apesar de toda essa contra sua imagem, Maria Antônia conseguiu ganhar influência considerável sobre o marido e criou um partido de oposição contra a rainha Maria Luísa e Godoy.
Morte
Depois de sofrer seu segundo aborto em agosto de 1805, a saúde da princesa deteriorou-se severamente. Ela morreu de tuberculose em 21 de maio de 1806 no Palácio Real de Aranjuez. Houve rumores que que Maria Antônia teria sido envenenada por sua sogra Maria Luísa de Parma e pelo primeiro-ministro Manuel de Godoy. A própria rainha Maria Carolina acusou publicamente Maria Luísa de ter envenenado a filha, embora não haja evidências reais de que isso tenha acontecido.
Observação: Em 12 de fevereiro de 1861 o Reino das Duas Sicílias foi suprimido e anexado ao Reino de Itália durante o processo de Unificação Italiana. Portanto pessoas nascidas a partir de 1861 (4a. geração, nesta lista) não possuem formalmente títulos relacionados ao reino. A constituição da República Italiana promulgada em 22 de dezembro de 1947 aboliu definitivamente todos os títulos de nobreza.