Toda a bacia do Mar da Palha se caracteriza pelos seus fundos baixos e em constante mutação. A navegação é feita pelas calas, e por canais mantidos às cotas necessárias através de dragagens, como é o caso do canal do Barreiro ou da CUF na margem sul.
Apesar de ser um mar interior, não é invulgar encontrar vagas relativamente altas, provocadas pela combinação do vento e das marés com os fundos baixos, sobretudo no seu estreitamento onde cria um encontro de águas conhecido como as "Bailadeiras" junto a Cacilhas.
Na origem do seu nome estão os resíduos vegetais arrastados pelo rio Tejo das lezíriasribatejanas a montante, que empurradas pelas correntes e ventos circulam em toda a sua extensão.
As suas margens são quase todas sapais, e nelas várias espécies de aves vêm nidificar, de que algumas são migratórias. Na margem sul, foi estabelecida uma reserva natural.
