Nasceu cerca de 1670, no rescaldo da guerra da Restauração, e cresceu no delicado ambiente de tensão que se interpunha para a reconciliação entre as duas monarquias,agora separadas, numa altura em que a diplomacia se impunha mais do que antes aos estados soberanos como uma peça fundamental no xadrez político internacional. Manuel Jacques de Magalhães soube tirar partido da conjuntura política do seu tempo, usando os dotes que possuía, ou aparentava possuir, para a diplomacia e insinuar-se na corte como o candidato certo para representar a nação restaurada no próprio país que repudiara. De facto, D. Pedro II escolheu-o como «enviado extraordinário a Castela». Mais tarde, desempenhou a mesma função diplomática em Inglaterra.
Foi detentor de um vasto património honorífico e material: Foi senhor da casa de seu pai, visconde de Fonte Arcada e comendador, na ordem de Cristo, de São Pedro da Aldeia de Joanes e de São Miguel da Foz de Arouce.[1] Este património já o detinha seu pai, Pedro Jacques de Magalhães que por isso lho transmitiu, não sem se ajustar um acordo com seu meio-irmão e primogénito, Henrique Jacques de Magalhães, o qual, na expressão de António Carvalho da Costa na Corografia Portuguesa, «foy alcayde de Castello Rodrigo, por cuja mercè, & outras mais deyxou por composição que fez com seu irmão Manoel Jaques, ao titulo de Visconde», isto é, o qual, em nome do título de alcaide mor de Castelo Rodrigo, entre outros, abdicava do de visconde de Fonte Arcada.[2]
Casou com sua parente Joana Cecília de Noronha (c. 1680 - Janeiro de 1743), filha de Fernando Jacques da Silva (Alenquer, c. 1650 - ?) e de sua mulher Sebastiana de Noronha Lobo (c. 1650 - ?), não havendo descendência deste casamento. Ela casou segunda vez com seu duas vezes parente afastado D. João de Almeida (Lisboa, c. 1675 - Lisboa, 8 de Dezembro de 1749), filho segundo do 2.º Conde de Avintes e de sua mulher, do qual teve doze filhos e filhas.
↑COSTA, António Carvalho da, 1650-1715, Corografia portugueza e descripçam topografica do famoso reyno de Portugal… / P. Antonio Carvalho da Costa. - Lisboa : na Off. de Valentim da Costa Deslandes, 1706-1712. - 3 vol., tomo III, p.377 in BND http://purl.pt/434/1/hg-1067-v/hg-1067-v_item1/P493.html
↑PORBASE, Base nacional de dados bibliográficos, etiqueta de registo 06185cam 02200253 04500 nota de conteúdo 327, «Copia da carta que o Visconde de Fonte Arcada mandou ao Secretario de Estado dando-lhe conta do modo em que ficava já a brexa de Salamanqua e das mais operações que tinha feito a nossa Cavalaria até o dia 17 de Setembro de 1706» (p. 147-149) http://urn.porbase.org/bibliografia/unimarc/txt?id=47284